Županijski stožer civilne zaštite se osniva kao operativno-stručno tijelo koje neposredno rukovodi akcijama zaštite i spašavanja na području Županije i za obavljanje drugih poslova u zaštiti i spašavanju, u skladu sa zakonom i drugim propisima. Županijski stožer obavlja poslove iz svoje nadležnosti samostalno, a za svoj je rad odgovoran Vladi Županije. U rukovođenju akcijama zaštite i spašavanja Županijski stožer obavlja sljedeće poslove:

1) odlučuje o uporabi snaga i sredstava civilne zaštite na zaštiti i spašavanju ugroženih i stradalih ljudi i materijalnih dobara i te snage raspoređuju na ona područja koja su ugrožena;

2) zapovjeda provođenje odgovarajućih mjera zaštite i spašavanja i određuju snage i sredstva koje će provoditi te mjere;

3) usmjerava, koordinira i rukovodi akcijama zaštite i spašavanja svih sudionika angažiranih na zaštiti i spašavanju;

4) rješava sva pitanja koja se tijekom provođenja aktivnosti na zaštiti i spašavanju pojave u vezi s angažiranjem snaga i sredstava civilne zaštite i provođenja mjera zaštite i spašavanja i samozaštite građana;

5) zapovjeda gradskom/općinskim stožerima civilne zaštite, stožerima civilne zaštite pravnih osoba u kojima su ti stožeri osnovani i službama zaštite i spašavanja koje formira Vlada Županije da sudjeluju u poduzimanju mjera i aktivnosti na zaštiti i spašavanju na određenom području;

6) zapovjeda angažiranje snaga i sredstava civilne zaštite s područja jedne općine/grada na ugroženo područje druge općine/grada na području Županije. 

U obavljanju poslova iz svoje nadležnosti, Županijski stožer funkcionira stalno, u vremenskom periodu kada Vlada Županije proglasi nastanak prirodne ili druge nesreće u Županiji, a po potrebi u periodu kada ne postoji prirodna ili druga nesreća. 

Županijski stožer svoje funkcije ostvaruje povremeno prema potrebi i to onda kada razmatra stanje priprema, organiziranost, opremljenost i osposobljenost za zaštitu i spašavanje svih nositelja zaštite i spašavanja na području Županije i predlaže mjere za dogradnju sustava zaštite i spašavanja i kada djeluje preventivno, u cilju sprečavanja nastajanja prirodne i druge nesreće i sudjeluje u vježbama i drugim vidovima obuke i osposobljavanja. 

Županijski stožer pruža pomoć općinama/gradovima i županijama u Federaciji BiH u slučaju prirodnih i drugih nesreća na poziv Općinskih/gradskih stožera civilne zaštite i Federalne uprave civilne zaštite u skladu sa Zakonom.